৯৬২ খৃ: তৎকালীন রোমান শাসক নাকফুর ফোকাস এক অতর্কিত আক্রমণ চালিয়ে আলেপ্পো গ্রান্ড মসজিদে আগুন লাগিয়ে দেয়। নাউজুবিল্লাহ! সে অগ্নিকান্ডে উমাইয়া মসজিদ ব্যাপকভাবে ক্ষতিগ্রস্ত হয়। পরবর্তীতে আমির আবুল মাআলী সাদ আল দওলা ক্ষতিগ্রস্থ মসজিদ পূণঃনির্মাণ করেন। ১১৬৯ খৃ: স্থানীয় খৃষ্টান সম্প্রদায় ষড়যন্ত্রমূলকভাবে আলেপ্পো গ্রেট মসজিদে পূণঃরায় আগুন ধরিয়ে দেয়। যাতে দ্বিতীয় বারের মত মসজিদ ব্যাপকভাবে ক্ষতিগ্রস্ত হয়। তখন ঐ সময়ের সবচেয়ে আলোচিত ক্রুসেড জয়ী সেনাপতি ও ন্যায় পরায়ন বাদশাহ্ সুলতান নুরুদ্দিন জঙ্গী রহমতুল্লাহি আলাইহি মসজিদ পূর্বের তুলনায় আরো সুন্দর ও বৃহৎ আয়তনে নির্মাণ করেন।

পরপর দুইবার এ ধরণের ষড়যন্ত্রমূলক অগ্নিকান্ডের ঘটনায় তৎকালীন মামলুক সুলতানগণ মসজিদের নিরাপত্তা ব্যবস্থা জোরদার করেন এবং দিবারাত্রি সার্বক্ষণিক স্বশস্ত্র নিরাপত্তা রক্ষী নিয়োগ করেন। মামলুক সুলতানদের উদ্যোগে আবার মাথা উঁচু করে দাড়িয়েছে। বর্তমানে একমাত্র মিনার ব্যতীত বাকী সবটুকুই মামলুক সালতানাতের সময়ে পূণঃনির্মাণ।



বিশেষতঃ সুলতান যাহির, সুলতান কালাউন, তদীয় পুত্র সুলতান নাসের মুহম্মদ ও সুলতান নুরুদ্দিন জঙ্গী রহমতুল্লাহি আলাইহি উনাদের অবদান। ক্রসেড জয়ী সেনাপতি সুলতান নুরুদ্দিন জঙ্গী রহমতুল্লাহি আলাইহি উনার নেতৃত্বে মুসলিম সেনাবাহিনীর হাতে যখন খৃষ্টান ক্রুসেডারগণ শোচনীয় ভাবে পরাজিত হয়। তখন সেই পরাজয়ের প্রতিশোধ নিতে মুসলমানদের বিরুদ্ধে খৃষ্টানরা গোপনে মরিয়া হয়ে উঠলো। মুসলিম শাসনাধিন সিরিয়ায় বসবাসরত খৃষ্টানদের প্ররোচিত করে গোপন ষড়যন্ত্র শুরু করলো পরাজিত খৃষ্টান ক্রুসেডারগণ। ঐ সময়ে প্রায় প্রতি রাত্রেই সুলতান নুরুদ্দিন জঙ্গী রহমতুল্লাহি আলাইহি আলেপ্পো গ্রেট মসজিদে সারারাত ইবাদত ও অধ্যায়নে অতিবাহিত করতেন। মসজিদে অবস্থানকালে সুলতান কোন নিরাপত্তা রক্ষী সঙ্গে রাখতে পছন্দ করতেন না। পরাজিত খৃষ্টানদের চতুর্মুখী ষড়যন্ত্রের সেই কঠিন সময়েও তিনি এই বলে মসজিদে অবস্থানকালীন একাকী থাকতে পছন্দ করতেন যে, তিনি বলতেন এক নগণ্য গোলাম মহান আল্লাহ পাক উনার পবিত্র ঘর পবিত্র মসজিদে রক্ষীসহ জাক-জমকের সাথে উপস্থিত হবে, এমন ধৃষ্টতা আমার পক্ষে সম্ভব নয়।