১৭৯৮ খৃ:র ৯ সেপ্টেম্বর উসমানীয় সাম্রাজ্য যুদ্ধ ঘোষণা করে এবং ২১ অক্টোবর আল-আজহার থেকে ফরাসিদের বিরুদ্ধে বিদ্রোহ শুরু হয়। পরেরদিন সকালে পরিস্থিতি শান্ত করার জন্য দিওয়ান নেপোলিয়নের সাথে সাক্ষাত করে। নেপোলিয়ন শান্তিপূর্ণভাবে সমাধানে রাজি হয় এবং শাইখদেরকে বিদ্রোহীদের সাথে আলোচনা করতে বলে। আলোচনার কথা উঠে আসার ফলে বিদ্রোহীরা ফরাসিদেরকে দুর্বল হয়ে পড়েছে ভেবে তা প্রত্যাখ্যান করে। এরপর নেপোলিয়ন কায়রো দুর্গ থেকে আল-আজহার পর্যন্ত শহরে আগুন লাগিয়ে দেয়ার নির্দেশ দেয়। এই বিদ্রোহের সময় দুই থেকে তিনশত ফরাসি সৈনিক মারা যায়। এছাড়াও ৩,০০০ মিশরীয় হতাহত হয়। সেসময় ফরাসিদের কর্তৃক জোরপূর্বক আটককৃত মিশরীয়দের বন্দী করা হয় এবং অস্ত্রসহ ধরা পড়লে শিরñেদ করা হয়। সেসময়ে ফরাসি সৈনিকরা উদ্দেশ্যমুলকভাবে মসজিদের সম্মানহানী করেছিল। তারা জুতা পায়ে ও বন্দুক নিয়ে মসজিদে প্রবেশ করে। মসজিদের মিহরাবের সাথে ঘোড়া বেধে রাখা হয়। নাউজুবিল্লাহ! ছাত্রদের আবাসস্থল ও গ্রন্থাগার তছনছ করা হয় এবং পবিত্র কালামুল্লাহ শরীফ মাটিতে ফেলে দেয়া হয়। নাউজুবিল্লাহ! এরপর বিদ্রোহী নেতারা আলোচনায় বসতে চাইলে তা ফিরিয়ে দেয়া হয়েছিল।

নেপোলিয়ন পরবর্তীতে পবিত্র দ্বীন ইসলাম উনার মুহব্বতে পবিত্র দ্বীন ইসলাম গ্রহন করেছিলো। এবং মিশরে রাষ্ট্রীয়ভাবে পবিত্র সাইয়্যিদু সাইয়্যিদিল আ’ইয়াদ শরীফও পালন করেছিলো। নেপোলিয়নের মুসলমান হওয়ার তথ্য প্রকাশ হয়ে যাওয়ার পর তার পূর্বের স্বজ্ঞাতীরাই তাকে শহীদ করে।



নেপোলিয়ন মিশরে সম্মানিত ছিল একমাত্র মুসলমান হওয়ার কারণেই। কায়রোর জনতার মধ্যে তাকে সুলতান আল-কবির বলা হত। ফরাসী অত্যাচারী সৈনিকদের ঘটনার পর সে তার অবস্থান হারিয়ে ফেলে।



নেপোলিয়নের আক্রমণের পর আল-আজহারের ঐতিহ্যবাহী শিক্ষাপ্রক্রিয়ায় পরিবর্তন আসে। মিশরে ছাপাখানা চালু হওয়ার ফলে পূর্বের মৌখিক বক্তব্য ও স্মৃতিতে ধারণের মাধ্যমে শিক্ষার স্থলে লিখিত আকারে শিক্ষাদান শুরু হয়। তবে মসজিদের নিজস্ব ছাপাখানা ১৯৩০ খৃ: চালু হয়েছিল। ফরাসিরা চলে যাওয়ার পর মুহম্মদ আলি পাশা আধুনিক বিজ্ঞানের বিষয়াদি পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত করতে উৎসাহিত করেন। ১৮৭২ খ্রিষ্টাব্দ নাগাদ জামালউদ্দিন আফগানির নির্দেশনায় ইউরোপীয় দর্শনকে পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত করা হয়।



মুহম্মদ আলি রাজবংশ ও ব্রিটিশ আধিপত্যঃ

মুহম্মদ আলি পাশার নাতি ইসমাইল পাশার শাসনামলে কায়রোকে ইউরোপীয় শৈলীর শহর হিসেবে গড়ে তোলার জন্য ব্যাপক কার্যক্রম শুরু হয়। এসকল কার্যক্রমের জন্য ব্রিটেনের কাছে মিশর বড় অঙ্কের ঋণ গ্রহণ করে ফলে ১৮৮২ খৃ: ব্রিটিশরা মিশর দখল করে নিতে সক্ষম হয়।

ইসমাইল পাশার শাসনামলে আল-আজহার রাষ্ট্রীয় পৃষ্ঠপোষকতা ফিরে পায়। খেদিভ হিসেবে ইসমাইল পাশা বাব আল-সায়িদা ফটক ও মাদরাসা আল-আকবাগাউয়িয়া সংস্কার করে। ব্রিটিশদের চাপের ফলে ইসমাইল পাশার পদত্যাগের পর তার পুত্র তৌফিক পাশা খেদিভ হন। তিনি মসজিদের সংস্কার বহাল রাখেন। তিনি মসজিদের বেশ কিছু অংশের নকশা নতুন করে প্রণয়ন করেছিলেন। তৌফিক পাশার পর তার পুত্র দ্বিতীয় আব্বাস ১৮৯২ খৃ: মিশর ও সুদানের খেদিভ হন। তিনি তার দাদা ইসমাইলের শুরু করা সংস্কারকাজ চালু রাখেন। মসজিদের মূল বহিরাঙ্গণ তিনি পুনরায় তৈরি করেছিলেন। সেসাথে একটি নতুন রিওয়াক নির্মিত হত। তার শাসনামলে ফাতেমীয় যুগে নির্মিত উঠোনও সংস্কার করা হয়। এসকল সংস্কার আল-আজহারের আধুনিকায়নে সহায়তা করেছে।