আইয়ুবীয় সালতানাতের সময়ঃ

আল-মুফাদ্দালের মতে সুলতান সালাহউদ্দিন আইয়ুবী রহমতুল্লাহি আলাইহি উনার শাসনামলে নির্মিত হয়েছিল মসজিদের একটি মিনার।

আইয়ুবীয় সুলতানরা আহলে সুন্নত ওয়াল জামায়ত মতাদর্শের উপর পৃষ্ঠপোষকতা করতেন এবং তারা কায়রোজুড়ে আহলে সুন্নত ওয়াল জামায়ত মতাদর্শের মাদরাসা স্থাপন করেছেন।



একটি মতানুযায়ী একজন শিক্ষক (সম্ভবত আবদুল লতিফ আল-বাগদাদি) মসজিদে আইন ও চিকিৎসাসহ বেশ কিছু বিষয়ে শিক্ষা প্রদান করতেন। সালাহউদ্দিন আইয়ুবী রহমতুল্লাহি আলাইহি উনার সম্পর্কে মত রয়েছে যে তিনি আল-বাগদাদিকে ৩০ দিনার বেতন হিসেবে প্রদান করতেন এবং তার উত্তরাধিকারীরা তা বৃদ্ধি করে ১০০ দিনার করেছিলেন। সালাহউদ্দিন আইয়ুবী রহমতুল্লাহি আলাইহি উনার পরবর্তি সময়ে পাঠক্রমে নতুন করে আরো কিছু বিষয় অর্ন্তভূক্ত হয়েছিলো অলংকারশাস্ত্র, গণিত ও বিজ্ঞান। সালাহউদ্দিন আইয়ুবী রহমতুল্লাহি আলাইহি উনার বিজয়ের আগ পর্যন্ত মিশরে অণুরূপ কোনো শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান ছিল না। তিনি ও তার পরবর্তী আইয়ুবীয় শাসকরা মিশরে ২৬টি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান গড়ে তুলেছিলেন। এর মধ্যে সালিহিয়া মাদরাসা অন্যতম।



মামলুক সালতানাতের সময়ঃ

মামলুক সুলতান মালিকুয যাহির রুকনুদ্দিন বাইবার্স বন্দুকদারি রহমতুল্লাহি আলাইহি শাসনামলে ১২৬৬ খৃ: আল-আজহারে পুনরায় জামাতে নামাজ শুরু হয়। কায়রো দ্রুত সম্প্রসারণের কারণে রুকনুদ্দিন বাইবার্স বন্দুকদারি রহমতুল্লাহি আলাইহি মসজিদের সাবেক ইতিহাস উপেক্ষা করতে সক্ষম হন এবং আগের মত গুরুত্ব প্রদান করেন। সুলতান রুকনুদ্দিন বাইবার্স বন্দুকদারি রহমতুল্লাহি আলাইহি ও মামলুক সুলতানগণ আল-আজহারের শিক্ষক ও শিক্ষার্থীদের বৃত্তি প্রদান ও মসজিদের সংস্কার করেছিলেন। আল-মুফাদ্দালের মতানুযায়ী আমির ইজ্জউদ্দিন আইদামুর আল-হিল্লি সংস্কারের সময় মসজিদের পাশে বাড়ি তৈরি করেছিলেন। আল-মাকরিজি লিখেছেন যে আমির দেয়াল ও ছাদ সংস্কার করেছেন এবং মেঝেতে নতুন গালিচা স্থাপন করেছেন। ফাতেমীয় শাসক আল-হাকিমের পর ১২৬৬ খৃ:র ১৬ জানুয়ারি প্রথম খুতবা প্রদান করা হয়।



১৩০২ খৃ: একটি ভুমিকম্পের ফলে আল-আজহারসহ মামলুক অঞ্চলের বেশ কিছু স্থাপনা ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছিল। মসজিদ সংস্কারের জন্য আমিরদেরকে দায়িত্ব প্রদান করা হয়। রুকনুদ্দিন বাইবার্স বন্দুকদারি রহমতুল্লাহি আলাইহি উনার শাসনের পর এই প্রথমবার সংস্কারকার্য সম্পাদিত হয়েছিল। এর সাত বছর পর মসজিদের উত্তরপশ্চিম দেয়ালের পাশে মাদরাসা আল-আকবাগাউয়িয়া নির্মিত হয়। মসজিদের কিছু দেয়াল নতুন করে নির্মিত হয়। ১৩৩২-১৩৩৩ খৃ: মাদরাসা আল-তাইবারসিয়া নির্মাণ শুরু হয় এবং এর নির্মাণকাজ ১৩৩৯-১৩৪০ খৃ: সমাপ্ত হয়। এটি মসজিদের ওযূর স্থানে নির্মিত হয়েছিল। মাদরাসাগুলো মসজিদের সম্পূরক ভবন হিসেবে নির্মিত হয়েছিল, এতে পৃথক প্রবেশ পথ ও নামাজের স্থান ছিল।

আল-আজহার মসজিদ কায়রোতে নিজের অবস্থান ফিরে পেলেও সংস্কার ও অন্যান্য কার্যগুলো সুলতানের অধীনস্তরা সম্পাদন করতেন। বুরজি রাজবংশের সুলতান বারকুকের সময় এই অবস্থা পরিবর্তন হয়। মামলুক শাসনের সমাপ্তি পর্যন্ত উচ্চপদস্থ সরকারি কর্মকর্তারা মসজিদের সরাসরি পৃষ্ঠপোষকতা করেছেন। সুলতান কাইতবাই ও কানসুহ আল-গাওরি উভয়ের শাসনামলে মসজিদের সংস্কার ও মিনার নির্মিত হয়। সবসময়ই সব সুলতানগণ আল-আজহার মসজিদের সাথে ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক রাখতেন।